Безгръбначни
Установени са около 2090 вида и подвида безгръбначни животни, между които са близо 300 редки вида, 214 ендемични вида, 175 реликтни вида, както и 15 животни включени в международни списъци на застрашените от изчезване видове. Фауната на Национален парк Пирин все още е в процес на изучаване, като се предполага, че при откриването на безгръбначни животни са открити едва половината от всички животни, които се срещат тук. В Червения списък на Международния съюз за защита на природата са включени 2 вида земноводни и влечуги – жабата дървесница и шипоопоашатата костенурка.
